fix: фаза 2 — критические фиксы

READМЕ: убрать NEXUS_REPOSITORIES, CREATED→UPDATED, go/npm/Gem→go/npm,
  добавить MAX_CONCURRENT_SCANS, CSV-экспорт, инструкцию по вебхукам Nexus
Dockerfile: uv pip install --system . (единый источник deps — pyproject.toml)
docker-compose: WEBHOOK_SECRET, SCAN_TIMEOUT_SECONDS
pyproject.toml: убрать deprecated [tool.ruff].select
config.py: default из DEFAULT_MAX_CONCURRENT_SCANS
constants.py: убрать GUARDDOG_ERRORS_KEY (мёртвый), .gem из PACKAGE_EXTENSIONS,
  LLM prompt: «Python»→«software»
queries.py: убрать return_total
Makefile: docker-up +--build, docker-down без -v, +docker-destroy,
  +docker-rebuild, убран typecheck

docker-compose.yml

@@ -17,6 +17,8 @@ services:
       LLM_MODEL: "${LLM_MODEL:-gpt-4o-mini}"
       LLM_TIMEOUT_SECONDS: "${LLM_TIMEOUT_SECONDS:-30}"
       MAX_CONCURRENT_SCANS: "${MAX_CONCURRENT_SCANS:-4}"
+      WEBHOOK_SECRET: "${WEBHOOK_SECRET:-}"
+      SCAN_TIMEOUT_SECONDS: "${SCAN_TIMEOUT_SECONDS:-300}"
     volumes:
       - ./data:/data
     depends_on: